Arquitectura religiosa, maneirista e barroca. Igreja conventual de planimetria maneirista - planta longitudinal, com capelas colaterais encimadas por tribuna num dos lados e sem transepto. Conserva elementos de diversos estilos: gótico - o portal integrado em gablete, os baixos relevos com representação heráldica que o ladeiam (já de um gótico flamejante), e o claustro; no manuelino - tecto mudéjar da portaria, alguns painéis pintados e os portais do claustro e o da capela do S. Jesus; maneirista - o púlpito e os azulejos ponta de diamante; barroco - os azulejos de albarradas, padrão ou figurativo, sendo os da capela-mor joaninos; os da sacristia são atribuídos a Policarpo de Oliveira Bernardes; a talha dos retábulos, sendo o mor do estilo nacional; a da capela de Nossa Senhora das Dores é já rocaille. A tela da capela-mor é do italiano Bacarelli.
Convento rodeado por cerca (v. PT031113150042), sendo a área construído por planta rectangular irregular constituído por vários corpos e integrando igreja, de planta longitudinal e nave única. Átrio com capela de Nossa Senhora do Sobreiro à esquerda. Escada forrada de azulejos conduz à portaria, com lambril de azulejos de padrão, tecto mudéjar, portal de 3 arquivoltas em gablete; ladeia-o pedras esculpidas com armas de Portugal e empresa de D. Afonso V. Nave com lambril recortado de azulejos, 5 capelas colaterais, com retábulos de talha, sendo 2 do lado da Epístola mais profundas; púlpito de mármore no lado do Evangelho, coro-alto com cadeiral e crucifixo sobre teia. Cobertura em abóbada de berço. Na capela-mor lambril de azulejos com cenas da vida de Santo António encimadas por 4 pinturas sobre tábua; retábulo de mármores embutidos, talha branca e dourada e tela representando "Entrega do Menino a Santo António". Abóbada de berço com caixotões. Sacristia forrada a azulejos legendados em espanhol. Claustro de 2 pisos, o 1º com arcos quebrados sobre colunas chanfradas e tecto pintado com divisa de D. Afonso V; na ala N., portal de arco trilobado decorado dá acesso à capela do Senhor Jesus, forrada de azulejos ponta de diamante. 2º piso em arquitraves. Casa do Capítulo, aberta para a galeria nascente do claustro, com lambril de albarradas, tendo por cima representação de professos notáveis. O vestíbulo apresenta um tecto de laçaria, atribuído ao reinado de D. Afonso V. É bastante simples, plano e com entrelaçado geométrico de ripas finas.
Materiais
Alvenaria rebocada e cantaria, calcária, azulejos, talha, madeira, pinturas, paineis, mármore, mármores embutidos. Cobertura de telha.
Observações
D. Afonso V sempre dedicou grande afeição ao Mosteiro do Varatojo, onde se recolhia frequentemente. Segundo a tradição, a janela de canto à entrada do Mosteiro, pertencia aos seus aposentos e de onde falava aos pobres das redondezas. Contudo, as suas características fazem-nos pensar tratar-se de uma obra mais tardia, já do período quinhentista.
